สะเก็ดหางและตีนกบของพะยูนมีลักษณะคล้ายกับโลมา พยาธิใบไม้เหล่านี้จะยกขึ้นและลงในจังหวะยาวๆ เพื่อเคลื่อนสัตว์ไปข้างหน้า และสามารถบิดเพื่อหมุนได้ ขาหน้าเป็นตีนกบคล้ายไม้พายซึ่งช่วยในการเลี้ยวและชะลอความเร็ว พะยูนไม่มีตะปูบนตีนกบ ซึ่งมีความยาวเพียง 15% ของความยาวลำตัวของพะยูน หางมีรอยบากลึก สมองของพะยูนมีน้ำหนักสูงสุด 300 กรัม หรือประมาณ 0.1% ของน้ำหนักตัวของสัตว์ ด้วยตาที่เล็กมาก พะยูนมีการมองเห็นที่จำกัด  ความรู้ทั่วไปเรื่องพะยูน   แต่มีการได้ยินแบบเฉียบพลันภายในขอบเขตเสียงที่แคบ หูซึ่งไม่มีติ่งหูจะอยู่ด้านข้างศีรษะ รูจมูกตั้งอยู่ด้านบนของศีรษะและสามารถปิดได้โดยใช้วาล์ว พะยูนมีจุกนม 2 อัน โดยอันหนึ่งอยู่ด้านหลังตีนกบแต่ละอัน มีความแตกต่างเล็กน้อยระหว่างเพศ โครงสร้างของร่างกายเกือบจะเหมือนกัน อัณฑะของผู้ชายไม่ได้อยู่ภายนอก และความแตกต่างที่สำคัญระหว่างชายและหญิงก็คือตำแหน่งของช่องอวัยวะเพศที่สัมพันธ์กับสะดือและทวารหนัก ปอดในพะยูนนั้นยาวมากจนเกือบถึงไต ซึ่งก็จะยืดออกมากเช่นกันเพื่อรับมือกับสภาพแวดล้อมที่เป็นน้ำเค็ม หากพะยูนได้รับบาดเจ็บ