ประชากรสัตว์จำนวนมากสร้างของเสียมากมายให้ระบบนิเวศย่อยสลาย ในป่าธรรมชาติ ของเสียเหล่านี้จะค่อยๆ ย่อยสลายโดยจุลินทรีย์ จากนั้นจะถูกกรองผ่านดินด้วยฝนและหิมะ ในเขตเมือง ระบบธรรมชาติมีการเปลี่ยนแปลงโดยการไหลบ่าที่เพิ่มขึ้นเนื่องจากพื้นผิวที่กันน้ำไม่ได้ (พื้นผิวที่ไม่อนุญาตให้น้ำซึมผ่านดิน รวมถึงหลังคาและถนนแอสฟัลต์หรือคอนกรีต ลานจอดรถและทางเท้า) ของเสียจากสัตว์เลี้ยงที่ไม่ได้ถูกกำจัดอย่างถูกต้องมักจะถูกชะล้างลงสู่ลำธารและทะเลสาบก่อนที่จะถูกย่อยสลายจนหมดสิ้น สารปนเปื้อนในขยะสัตว์เลี้ยง ของเสียจากสัตว์เลี้ยงอาจมีเชื้อโรค เช่น แบคทีเรีย ไวรัส และพยาธิ อุจจาระสัตว์เลี้ยง ที่สามารถแพร่เชื้อไปยังมนุษย์ที่ทำสวนในดินที่ปนเปื้อนหรือกำลังสร้างแหล่งน้ำที่ติดเชื้อ โรคและปรสิตเฉพาะบางชนิดที่แฝงมากับของเสียจากสัตว์เลี้ยงได้แก่ Campylobacteriosis - แบคทีเรียที่แมวและสุนัขบางตัวเป็นพาหะทำให้เกิดโรคระบบทางเดินอาหาร (ท้องเสีย) ในคน Cryptosporidium - ปรสิตโปรโตซัวที่สุนัข แมว หนู สัตว์เลี้ยงในฟาร์มบางชนิด และสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมอื่น ๆ หลายชนิดสามารถเป็นพาหะนำโรคระบบทางเดินอาหารในคนได้ อาการทั่วไป ได้แก่ ท้องร่วง ปวดท้อง คลื่นไส้ และภาวะขาดน้ำ