การส่องกล้องเป็นขั้นตอนที่ปลอดภัย ถือเป็นหัตถการทางการแพทย์ที่ปลอดภัยที่สุดวิธีหนึ่งและมีความเสี่ยงต่ำ ภาวะแทรกซ้อนที่พบไม่บ่อย ได้แก่ การส่องกล้อง ปัญหาเกี่ยวกับการกดประสาท เลือดออก การติดเชื้อ และการทะลุ แม้ว่าโดยทั่วไปแล้วภาวะแทรกซ้อนเหล่านี้จะเกี่ยวข้องกับสภาวะที่มีอยู่ก่อนแล้วก็ตาม