แบบจำลองจากสัตว์สามารถช่วยระบุจุลินทรีย์ในลำไส้และกลไกต่างๆ ได้ แม้ว่าจะยังไม่ทราบระดับที่ผลการวิจัยแปลไปสู่มนุษย์ ในมนุษย์ microbiota การศึกษาเชิงสังเกตสามารถแสดงความสัมพันธ์แบบภาคตัดขวางระหว่างจุลินทรีย์และลักษณะทางสุขภาพ แต่ถูกจำกัดโดยไม่สามารถวัดความสัมพันธ์เชิงสาเหตุได้ หลักฐานระดับที่แข็งแกร่งที่สุดได้มาจากการศึกษาทางคลินิกแบบแทรกแซง โดยเฉพาะการทดลองแบบสุ่มที่มีกลุ่มควบคุม