เมื่อทำงานอย่างเหมาะสม ระบบภูมิคุ้มกัน - พันธมิตรของไมโครไบโอต้าจะประสานแขนของภูมิคุ้มกันโดยธรรมชาติและที่ปรับตัวได้ไว้ในบทสนทนาที่เลือก ปรับเทียบ และยุติการตอบสนองในลักษณะที่เหมาะสมที่สุด อย่างไรก็ตาม จุลินทรีย์ การได้มาซึ่งระบบภูมิคุ้มกันที่ซับซ้อนและการพึ่งพาไมโครไบโอต้านั้นมีราคาที่ต้องจ่าย พยาธิสภาพที่ส่งผลกระทบต่อมนุษย์มากขึ้น เช่น โรคภูมิแพ้ ภูมิคุ้มกันทำลายตัวเอง และโรคอักเสบ ล้วนเกิดขึ้นจากความล้มเหลวในการควบคุมการตอบสนองของภูมิคุ้มกันที่ผิดทิศทางต่อตนเอง