ปัญหาร้ายแรงก็ปะทุขึ้น การกบฏของชนพื้นเมืองที่ไม่ประสบความสำเร็จซึ่งนำโดย Manco Capac II ในปี 1536 ตามมาด้วยการหลบหนีไปยัง ภูมิภาค Vilcabambaในป่าเขตร้อนทางตอนเหนือของ Cuzco หลายปีหลังจากการก่อจลาจลของ Manco ตามมาด้วยความขัดแย้งอย่างเปิดเผยระหว่างผู้พิชิตในเรื่องการแบ่งส่วนที่ริบมาได้ อัลมาโกร ซึ่งไม่แยแสต่อ เปรู  ความยากจนของชิลีจึงหาทางยึดคูซโกจากปิซาร์รอส อัลมาโกรพ่ายแพ้และถูกประหารชีวิตในปี ค.ศ. 1538แต่พรรคพวกของเขายังคงคบคิดกับลูกชายของเขา และพวกเขาประสบความสำเร็จในการลอบสังหารฟรานซิสโก ปิซาร์โรในปี ค.ศ. 1541 อย่างไรก็ตาม ตัวแทนของมงกุฎแห่งสเปนซึ่งถูกส่งมาเพื่อสร้างระเบียบปฏิเสธที่จะยอมรับอัลมาโกรผู้น้อง ถูกจับและประหารชีวิตในปี ค.ศ. 1542